因肝結核臨床表現(xiàn)缺乏特異性，且易被肝外結核癥狀所掩蓋，所以臨床診斷非常困難。因此臨床上遇到不明原因的長期發(fā)熱伴進行性肝臟腫大、持續(xù)性肝區(qū)疼痛及壓痛者要警惕此病。如果發(fā)作時伴有貧血、堿性磷酸酶（ALP）升高、紅細胞沉降率（血沉）增快者，應及時進行穿刺活檢，或培養(yǎng)抗酸染色等。若高度懷疑此病，可進行診斷性治療，經(jīng)4～8個月治療后，臨床癥狀好轉(zhuǎn)則利于診斷。此外，可根據(jù)其全身中毒癥狀表現(xiàn)、肝臟局部表現(xiàn)及B超、CT等檢查協(xié)助診斷。
