并不是所有的乙肝都適合用干擾素治療。使用干擾素的適應(yīng)證是：丙氨酸氨基轉(zhuǎn)移酶（ＡＬＴ）高值，超過(guò)正常值１.５～４.５倍；肝臟的病變呈活動(dòng)狀態(tài)；血清膽紅素（ＢＩＬ）低水平；血清乙肝病毒脫氧核糖核酸（ＨＢＶＤＮＡ）低水平；是水平傳播感染者，也就是說(shuō)不是母嬰垂直傳播的，而是其他人傳染的。符合以上條件者使用干擾素治療有可能達(dá)到使病毒轉(zhuǎn)陰的目的，ＨＢＶＤＮＡ的陰轉(zhuǎn)率大概為３０％～４０％。以下幾種情況通常是不適合用干擾素治療的，如：母嬰、父嬰垂直傳播者；高黃疸的病人；伴有自身免疫疾病者。我國(guó)６０％～８０％的乙肝患者是垂直傳播而感染的，不是干擾素治療的適應(yīng)證，所以這些人使用干擾素治療一般收效甚微，也就是說(shuō)我國(guó)絕大多數(shù)的乙肝患者不適合使用干擾素。不符合使用干擾素的病人勉強(qiáng)使用，不僅效果不好、開(kāi)銷很大，而且可能因藥物的副作用而有礙健康。
另外，干擾素的療效也不確定。目前，乙肝病毒還不能體外培養(yǎng)，不可能測(cè)定干擾素形成的抗病毒狀態(tài)的靈敏性，因此，干擾素治療慢性乙肝的最后結(jié)果只能是推測(cè)性的。乙肝病毒脫氧核糖核酸（ＨＢＶＤＮＡ）的血清水平越低，可能相對(duì)比較容易被干擾素清除；但如果超過(guò)２００皮克／毫升者多難以奏效。肝臟穿刺活檢組織學(xué)顯示已經(jīng)有纖維化形成的病例效果也比較差。有些病人就是有治療效果往往也是暫時(shí)的，治療后只有１０％的病人觀察４年以上ＨＢｅＡｇ、ＨＢＶＤＮＡ仍保持陰性，其他的病例病毒指標(biāo)都可能再次轉(zhuǎn)陽(yáng)。
另外，干擾素治療是否可以防止慢性乙肝發(fā)展成為肝硬化和肝細(xì)胞癌，尚無(wú)定論，還有待長(zhǎng)期的隨訪觀察。
