當(dāng)“大三陽”患者的機(jī)體免疫功能被激活時，免疫系統(tǒng)能識別出乙肝病毒的抗原物質(zhì)和受病毒感染的肝細(xì)胞并出現(xiàn)清除病毒的反應(yīng)，這是機(jī)體的一種自身保護(hù)反應(yīng)。
其結(jié)果是大量病毒被清除，而同時受感染的肝細(xì)胞也遭到破壞，出現(xiàn)轉(zhuǎn)氨酶升高，有時還會出現(xiàn)膽紅素的升高(即黃疸)。
但這種清除常常是不徹底的，對于非復(fù)制狀態(tài)的病毒常常不能殺死而呈潛伏狀態(tài)。當(dāng)機(jī)體免疫力下降時，病毒又重新開始復(fù)制，感染新的肝細(xì)胞，并導(dǎo)致新一輪的免疫攻擊。
如此反復(fù)清除、破壞，再清除、再破壞的過程，就是慢性肝炎發(fā)展的過程。隨著血液中病毒的清除，血清中抗-HBe出現(xiàn)，HBeAg消失，也就從“大三陽”轉(zhuǎn)成了“小三陽”。由此可見，能從“大三陽”轉(zhuǎn)成“小三陽”，對大部分的乙型肝炎病人(感染變異病毒者除外)來說象征著體內(nèi)病毒復(fù)制的下降，病毒數(shù)量的減少，有時血液中甚至檢測不到病毒。
雖然“大三陽”或“小三陽”與肝臟損傷的嚴(yán)重程度不直接相關(guān)，但病毒減少時受感染的肝細(xì)胞會減少，免疫反應(yīng)和肝損傷也會減輕，因此我們在治療中總希望能將“大三陽”轉(zhuǎn)成“小三陽”，使病毒的復(fù)制下降到最低水平，這樣對病人是有利的。
