HBeAg在乙型肝炎潛伏期的后期出現(xiàn)，略晚于HBsAg，但消失較早，與HBV-DNA密切相關(guān)。
其臨床意義為：
第一，可作為急性乙型肝炎診斷和預(yù)后指標(biāo)，急性乙型肝炎進(jìn)入恢復(fù)期后HBeAg一般會(huì)隨HBsAg的消失而消失。如果急性乙型肝炎發(fā)病后3～4個(gè)月，HBeAg能夠轉(zhuǎn)陰，抗-HBe出現(xiàn)，則表示預(yù)后良好。
第二，有助于評(píng)價(jià)乙型肝炎患者或HBV攜帶者的傳染性強(qiáng)弱。HBeAg存在于HBsAg陽性者血清中，說明血液中有病毒顆粒，多數(shù)HBV-DNA呈陽性，所以HBeAg陽性者具有很強(qiáng)的傳染性?？?HBe陽性者一般傳染性較低，但若血清HBV-DNA陽性，可能HBV產(chǎn)生了變異，仍有一定的傳染性。
第三，HBeAg陽性提示HBV在體內(nèi)復(fù)制。
第四，在出現(xiàn)原發(fā)性肝癌時(shí)，HBeAg檢出率降低，而抗-HBe、甲胎蛋白（AFP）增高，故在HBsAg陽性的肝硬化患者中，抗-HBe陽性、AFP增高，提示早期肝癌的可能。
第五，母嬰傳播中，孕婦分娩時(shí)HBeAg陽性可能增加母嬰之間的感染率。
