核酸是病毒的核心部分，乙肝病毒的復制是以核酸的DNA為模板進行復制的。
1．基因復制乙肝病毒的基因（DNA）是由兩條螺旋的DNA鏈連成的一個環(huán)形結構。其中一條長鏈（分子生物學上稱為負鏈）已經(jīng)形成完整的環(huán)狀；另一條長度較短的鏈（分子生物學上稱為正鏈）呈半環(huán)狀。在復制過程中，這條半環(huán)狀的DNA鏈就會以負鏈為模板，在催化劑──乙肝病毒DNA聚合酶的作用下延長，最終形成完整的環(huán)狀。這時的乙肝病毒基因就形成了一個完全環(huán)狀的雙股DNA。我們把這種DNA稱作共價閉合環(huán)狀DNA（即cccDNA），可以把它看作是病毒復制的原始模板。模板形成后，病毒基因會以其中的一條cccDNA為模板，利用肝細胞基因中的酶和DNA聚合酶的“催化”，一段基因又一段基因地復制，形成負鏈和正鏈。最后再裝配到一起形成新的乙肝病毒DNA顆粒。
2．共價閉合環(huán)狀DNA（cccDNA）cccDNA是一個完全環(huán)狀的雙股螺旋結構，結構非常穩(wěn)定，難以破壞。乙肝病毒的基因復制是以cccDNA為模板的，cccDNA是乙肝病毒復制中重要的中間產(chǎn)物，一旦它在肝細胞核內(nèi)形成，就具有了高度的穩(wěn)定性，可長期存在于肝細胞內(nèi)，不但起著上述的“模板”作用，而且還像深深扎根在泥土里的野草一樣很難完全清除，所以有人把它稱為“超螺旋結構”。不論用什么抗病毒藥物，不論細胞內(nèi)的DNA受到多大的抑制，也不論用藥的時間有多久，都很難清除這種cccDNA。只要肝細胞內(nèi)有很少量的cccDNA，當停藥后，核內(nèi)的cccDNA又可以再次成為病毒復制的“模板”，繼續(xù)復制乙肝病毒的DNA，這也是乙肝很難根治的原因。
3．血液中發(fā)現(xiàn)HBV-DNA是乙肝病毒存在及有無復制能力的直接標志。在乙肝活動期，HBV-DNA一般均呈現(xiàn)陽性，病情越重，含量越高。目前臨床對HBV-DNA可以做出定性和定量的檢測。HBV-DNA含量還是使用某些藥物（如干擾素、核苷類抗病毒藥物等）和判斷療效的依據(jù)之一，藥物有效，病毒復制受到明顯抑制的話，HBV-DNA含量就會明顯下降，甚至轉(zhuǎn)陰。
