1．有限療程的核苷（酸）類似物治療
這種療法是為了達到治療結(jié)束后持續(xù)病毒學(xué)應(yīng)答：HBeAg陽性患者采用核苷（酸）類似物治療，治療前不能對療程進行預(yù)測，治療期限取決于發(fā)生HBeAg血清轉(zhuǎn)換的時間。當(dāng)患者出現(xiàn)HBeAg血清學(xué)轉(zhuǎn)換后1年，可考慮停藥，停藥后需定期觀察HBV DNA、HBeAg、HBeAb和ALT變化，同時每6個月檢測HBsAg水平，但HBsAg轉(zhuǎn)陰概率極低。
2．核苷（酸）類似物長期治療
這種療法適用于治療結(jié)束后未能達到持久病毒學(xué)應(yīng)答的患者和某些需要長期治療的患者，如HBeAg陽性患者未達到e抗原血清學(xué)轉(zhuǎn)換或HBeAg陰性患者，該法也被推薦用于發(fā)生肝硬化的慢性HBV感染者。
肝硬化患者的治療不一定要依據(jù)ALT（丙氨酸轉(zhuǎn)氨酶）水平，因為肝硬化患者ALT在疾病進展時也可能正常。
代償期乙型肝炎肝硬化患者抗病毒治療指征為：不論ALT是否升高，HBeAg陽性者為HBV DNA≥104拷貝/毫升，HBeAg陰性者為HBV DNA≥103拷貝/毫升；對于HBV DNA可檢測到但未達到上述水平者，如有疾病活動或進展的證據(jù)、且無其他原因可解釋，在知情同意情況下，亦可開始抗病毒治療。適合應(yīng)用強效低耐藥的核苷（酸）類似物，如恩替卡韋或替諾福韋酯，經(jīng)濟條件欠佳者，也可使用拉米夫定和替比夫定。肝硬化患者應(yīng)仔細監(jiān)測耐藥和復(fù)發(fā)，在治療過程中密切隨訪HBV DNA水平，對觀察耐藥很重要，如HBV DNA上升1log，提示已發(fā)生病毒變異耐藥。如果在治療24周時仍然檢測到HBV DNA，提示應(yīng)答不佳，必須通過加用阿德福韋酯等第二種沒有交叉耐藥的藥物，以預(yù)防耐藥并加強療效。臨床研究表明，長期充分抑制HBV DNA可使患者病情得到穩(wěn)定，不僅能夠改善肝功能還可以延緩甚至避免肝移植。有報告顯示，部分患者肝纖維化也可逆轉(zhuǎn)。疾病惡化發(fā)生肝臟失代償時，需要鑒別是由于依從性不好還是由于發(fā)生病毒耐藥。
對于失代償期乙型肝炎肝硬化患者，只要能檢測出HBV DNA，不論ALT還是AST是否升高，都應(yīng)選用耐藥發(fā)生率低的核苷（酸）類似物治療，如恩替卡韋、替諾福韋酯，也可使用拉米夫定聯(lián)合阿德福韋酯治療，可以改善肝功能并能延緩和減少肝移植。同時，患者應(yīng)在專業(yè)肝病科接受治療，因為抗病毒藥物的應(yīng)用很復(fù)雜，患者有可能正在等待肝移植，可有肝功能變化或并發(fā)癥需要處理。對終末期肝病患者應(yīng)立即開始抗病毒治療。一旦發(fā)生病毒變異耐藥，應(yīng)及時加用其他已批準(zhǔn)的能治療變異耐藥的核苷（酸）類似物如阿德福韋酯等藥進行治療。
經(jīng)過3～6個月的治療，患者可能出現(xiàn)緩慢的臨床改善。但一些Child-Pügh評分或終末期肝病模型（MELD）評分高的晚期肝病患者，病情可能仍然在進展，核苷（酸）類似物治療未能使其獲益，可能需肝移植。但在這種情況下，核苷（酸）類似物治療可降低移植肝HBV復(fù)發(fā)的危險性。
