乙肝的致病原是乙肝病毒。乙肝病毒抵抗力極強，在60℃的條件下都難以將其殺滅，在100℃的高溫下能存活7—8分鐘左右。在各種類型的肝炎中，乙肝病毒潛伏期最長，在4—22周之間。
乙肝病毒在肝細胞內生存、復制后。再排出到血液中，所以不僅血流中病毒高負荷，而且肝臟的大多數(shù)肝細胞都被感染。乙肝病毒本身并不直接引起肝細胞的病變，只是在肝細胞內生存、復制，其所復制的抗原表達在肝細胞膜上，激發(fā)人體的免疫系統(tǒng)來辨認，并發(fā)生清除反應。
人體感染乙肝病毒后，由于機體免疫功能不同，從而病程發(fā)展也不同。如果機體的免疫功能健全，免疫系統(tǒng)被激活后識別乙肝病毒，攻擊已感染病毒的肝細胞并清除之，這就導致了急性乙肝;如果機體的免疫功能被激活，但處于低下狀態(tài)，機體對已感染病毒的肝細胞反復攻擊，但是又不能完全清除之，導致肝組織慢性炎癥反復發(fā)作，這就是慢性乙肝;如果機體的免疫功能處于耐受狀態(tài)，不能識別乙肝病毒，因此不攻擊已感染病毒的肝細胞，病毒與人"和平共處"，這就是乙肝病毒攜帶者。
乙型肝炎病毒(HBV)為直徑42～47nm的球形顆粒(Dane顆粒)，由外殼與核心兩部分組成。外殼有許多小球狀顆粒，只含病毒表面抗原(HBsAg)。核心含環(huán)狀雙股脫氧核糖核酸(DNA)、DNA多聚酶、核心抗原(HBcAg)和e抗原(HBeAg)。雙股DNA的正鏈短且不完整，長度僅為負鏈的50%，不含開放讀碼區(qū)，不能編碼蛋白。負鏈完整，長度恒定，約含3200個核苷酸，有4個大開放讀碼區(qū)，可編碼全部病毒蛋白：①S區(qū)基因。編碼病毒外殼蛋白(HBsAg)，分為S、前S1、前S2基因區(qū)共同編碼3種外殼蛋白肽段，即主蛋白由S基因編碼，中蛋白由前S2和S基因編碼，大蛋白由前S1、前S2和S基因編碼。3種外殼蛋白的功能和性質有所不同;②C基因。編碼核心抗原蛋白及其可溶成分e抗原，前C基因區(qū)可能在HBV的裝配和分泌中起作用;③P基因。其翻譯產物為病毒的DNA多聚酶;④X基因。編碼HBxAg，存在于HBsAg或HBcAg陽性病例肝細胞核內，可能是一種轉錄調節(jié)蛋白。
在HBV感染者的血清中存在3種不同形態(tài)的病毒顆粒，即小球形顆粒(直徑22nm)、管狀顆粒(直徑22nm、長度100～1000nm)、Dane顆粒(直徑42nm)。前二者分別為過剩的HBV外殼蛋白和不完整或空心的顆粒，無傳染性，僅Dane顆粒在肝細胞中復制，具有傳染性。黑猩猩及恒河猴為易感動物。HBV可在人腎和猴腎細胞、人羊膜細胞中生長，可從上述組織培養(yǎng)液中檢出HBcAg，并引起細胞病變。
HBV抵抗力強，煮沸30min121℃高壓蒸汽15min160℃干熱2h、環(huán)氧乙烷1.6g/L45min、0.5%二氯異氰尿酸鈉30min、0.5%碘附10min、2%堿性戊二醛、0.5%過氧乙酸7min可滅活。醇類、季銨鹽類、氯己定不易滅活。紫外線照射30min可殺滅HBV。
HBsAg的亞型及其意義：HBsAg的組抗原決定簇“a”是共同的，亞型d和y，w和r互為等位基因，因而分為4個主要亞型：adw、adr、ayw和ayr。W亞型又可分為Wl、W2、W3和W4。HBsAg的亞型分布因地域、時間和民族而異。我國漢族以adr為主，adw次之;少數(shù)民族以ayw居多、ayr罕見。應用亞型單克隆抗體研究證明，d與y、w與r可以共同存在于同一抗原顆粒上，形成adwr、aywr、adyw或adyr等復合亞型。HBsAg各亞型間，雖然由于有組抗原決定簇“a”，存在一定的交叉免疫，但這種交叉免疫是不完全的。
