目前抗病毒藥物仍然存在許多問題例如：新的抗病毒藥物層出不窮，從早期的核苷類藥物單磷酸阿糖腺苷、阿昔洛韋、泛昔洛韋、更昔洛韋等，到新一代核苷類似物拉米夫定、阿德福韋和恩替卡韋等，療效不斷提高，副作用減少，但這些新的藥物最佳療程應(yīng)為多久？長(zhǎng)期治療的安全性如何？延長(zhǎng)療程后還會(huì)有哪些突變類型，這些突變類型是否影響療效，變異后如何處理？合理的停藥指標(biāo)如何？停藥后肝炎加重的發(fā)生率和程度如何，如何治療？與其他抗病毒藥物、免疫調(diào)節(jié)藥物如何交替（或序貫）和聯(lián)合使用？
尤其是目前最為困惑的合理停藥后的復(fù)發(fā)問題，亟待解決。作者認(rèn)為：解決復(fù)發(fā)問題，在當(dāng)前條件下，可以通過綜合療法（例如幾種抗病毒藥物的聯(lián)用、中西醫(yī)的結(jié)合、抗病毒藥物與免疫調(diào)節(jié)藥物的合用等）、短療程反復(fù)沖擊治療、延長(zhǎng)療程、替代停藥等方法。
另一個(gè)令人頭痛的問題是交叉性耐藥性問題。核苷類抗乙肝病毒（HBV）藥物具有交叉耐藥的特點(diǎn)。例如：發(fā)生rtM204I變異或者rtL180M/rtM204V雙變異的對(duì)拉米夫定耐藥的HBV病毒對(duì)其他核苷類抗乙肝病毒藥物也有不同程度的耐藥性。要解決這一問題首先要徹底弄清楚耐藥性產(chǎn)生的機(jī)制，改造抗病毒藥物的結(jié)構(gòu)，還有就是采取聯(lián)合用藥的方法。
