肝內(nèi)膽管結(jié)石的臨床表現(xiàn)復(fù)雜多樣，輕者只有肝區(qū)脹痛不適，重者可有急性重癥膽管炎表現(xiàn)。大部分肝內(nèi)膽管結(jié)石患者同時有膽總管結(jié)石，而在主要的臨床表現(xiàn)上，兩者類似。
疼痛癥狀輕者只有肝區(qū)隱痛不適。當(dāng)肝內(nèi)膽管結(jié)石所致慢性梗阻，膽汁引流不暢，膽管周圍炎時，疼痛并不劇烈，但大多具有持續(xù)性，特別在夜間加重，常致患者不能入睡。此類癥狀，最易導(dǎo)致過多應(yīng)用麻醉鎮(zhèn)痛藥物而成癮。肝內(nèi)膽管結(jié)石引起急性梗阻時，可引起腹部劇烈疼痛，疼痛多為劇烈脹痛，其放射部位因結(jié)石的位置而不同，右肝內(nèi)膽管結(jié)石，常放射至右肩、背部；左側(cè)肝內(nèi)膽管結(jié)石，則放射至劍突下、下胸部。
肝內(nèi)膽管結(jié)石可以出現(xiàn)急性膽管炎表現(xiàn)，肝內(nèi)膽管結(jié)石同時伴有膽總管結(jié)石，因此可出現(xiàn)反復(fù)發(fā)作的結(jié)石梗阻和急性膽管炎綜合癥，表現(xiàn)為腹痛、黃疸、寒顫發(fā)熱三聯(lián)癥（charcot三聯(lián)癥），五聯(lián)癥表現(xiàn)是指上述三聯(lián)癥加上休克、精神癥狀。
