乙肝病毒的基因組（HBV DNA）在HBV DNA聚合酶的作用下形成完整的環(huán)狀DNA，這種DNA稱作共價閉合環(huán)狀DNA（即cccDNA），病毒基因以cccDNA為復(fù)制模板，不斷地形成新的HBV DNA，大約每日可以生產(chǎn)1013個病毒體后代。
慢性乙肝是一種難治性疾病，不易徹底治愈的主要原因有：①尚無理想的抗病毒藥物，難以徹底清除HBV?，F(xiàn)有抗乙肝病毒藥物都不能夠直接清除cccDNA。只要肝細(xì)胞內(nèi)有很少量的cccDNA，停藥后肝細(xì)胞核內(nèi)cccDNA又有可能再次發(fā)揮原始模板的作用，造成抗乙肝病毒停藥后的反跳。②在HBV高速復(fù)制過程中由于缺乏復(fù)制的校正功能，受機(jī)體免疫因素、藥物或其他因素的干擾，病毒為更好適應(yīng)環(huán)境，可發(fā)生病毒變異，以逃避藥物對它的抑殺，產(chǎn)生抗病毒藥物耐藥，增加乙肝的難治性。③患者存在對HBV的免疫耐受，使HBV不易被免疫清除，甚至終身在體內(nèi)存留及不同程度復(fù)制。④乙肝病毒基因可與肝細(xì)胞核內(nèi)相關(guān)基因整合，特別是X基因與肝細(xì)胞核基因的整合，可發(fā)展為原發(fā)性肝癌。⑤宿主免疫耐受或免疫功能低下。
