首先，人感染乙肝病毒后，血液中的乙肝病毒有堅(jiān)硬的蛋白質(zhì)外殼，治療乙肝的藥物很難直接對病毒產(chǎn)生作用，必須依賴人體的免疫功能。其次，乙肝病毒的復(fù)制是在肝細(xì)胞內(nèi)進(jìn)行的，而治療藥物必須是小分子物質(zhì)才能進(jìn)入肝細(xì)胞內(nèi)發(fā)揮抗病毒作用，乙肝病毒在人體肝臟以外的組織中的潛伏期平均為90～120天，因此抗病毒藥物要發(fā)揮作用，必須要有足夠的療程、系統(tǒng)的治療。第三，目前所用的抗HBV藥物的作用靶位在乙肝病毒復(fù)制的原始模板cccDNA水平以下，對cccDNA沒有抑制和降解作用，所以不論用什么抗病毒藥物，不論胞漿內(nèi)的DNA受到多大的抑制，也不論用藥的時(shí)間有多久，均很難清除它們。只要肝細(xì)胞內(nèi)有很少量的cccDNA，當(dāng)停藥后，核內(nèi)的cccDNA又可以再次成為病毒復(fù)制的“模型”，繼續(xù)復(fù)制乙肝病毒的DNA。這樣就造成了一些抗病毒藥物停藥后的“反跳現(xiàn)象”。第四，乙肝病毒在某些藥物作用下，會(huì)發(fā)生病毒基因變異，產(chǎn)生耐藥性或免疫逃避。因而在選擇治療藥物時(shí)應(yīng)當(dāng)慎重。第五，乙肝病毒感染肝細(xì)胞后，隨著病程的延長，病毒可能與肝細(xì)胞的基因產(chǎn)生整合。一旦發(fā)生這種現(xiàn)象，治療難度就會(huì)明顯加大。因此，乙肝治療必須及時(shí)。
此外，乙肝垂直傳播容易形成免疫耐受。尤其是感染乙肝病毒的母親通過胎盤感染胎兒，孩子出生后，由于免疫系統(tǒng)發(fā)育不完善，免疫功能不健全，不能有效地識(shí)別乙肝病毒，從而造成乙肝病毒感染。治療起來，更是沒有很好的辦法。
